Fakultas Kedokteran Universitas Pattimura terdiri dari dua prodi yakni Prodi Kedokteran dan Prodi Profesi Dokter, per-tahun 2017 kedua prodi ini masing-masing telah terakreditasi B (Baik) dan masih terus berproses dengan target akreditasi A pada tahun 2021.
Program Studi Kedokteran Universitas Pattimura bertujuan mengembangkan mahasiswa agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa,berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab. Program Studi Kedokteran menggunakan metode pembelajaran SPICES in medical learning yang terdiri dari Student-Centered, Problem-Based, Integrated, Community-Based, Electives, dan Systematic, dengan total 144 SKS.
Prodi Pendidikan Dokter Unpatti sebagai lembaga pendidikan tinggi, berperan mengembangkan sumberdaya manusia dan meningkatkan harkat dan martabat manusia untuk mewujudkan bangsa yang maju, mandiri dan sejahtera. Program Studi Pendidikan Dokter, diikut oleh mahasiswa yang telah menyelesaikan fase pendidikan sarjana. Pada tahap ini, peserta didik akan memasuki fase rotasi klinis, selama kurang lebih 2 tahun, di RSUD dr. M. Haulussy.
Fakultas Kedokteran Universitas Pattimura juga menyediakan berbagai fasilitas untuk membantu mengembangkan potensi mahasiswa baik dalam bidang akademik maupun non-akademik, antara lain laboratorium anatomi, laboratorium histologi, laboratorium biomolekuler, ruang komputer, alat skill lab dan manekin, mikroskop, perpustakaan, ruang telemedicine , alat band dan ruang musik, klinik, ambulance, serta ruang ibadah. Selain itu, adapula alat diving dan club diving yang telah dilatih oleh orang berpengalaman dibidangnya, guna mendukung visi Fakultas Kedokteran UNPATTI yang berorientasi dokter kepulauan.
