Studi Kedokteran dibawah Fakultas Kedokteran Universitas Pattimura (FK Unpatti) berdiri awalnya sebagai Program Pendidikan Dokter (PPD) Universitas Pattimura pada tahun 2008 dengan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen DIKTI) Nomor 2126/D/2008 tanggal 11 Juli 2008. Program Pendidikan Dokter memulai kuliah perdana setelah diresmikan oleh Dirjen DIKTI pada tanggal 5 September 2008. Fakultas Kedokteran Universitas Pattimura (FK Unpatti) dengan kedua program studinya (Prodi): Prodi Kedokteran dan Prodi Profesi Dokter pada tahun 2017 telah mendapatkan akreditasi B (Baik/Good) berdasarkan Sertifikat Akreditasi No.0479/LAM-PTKes/Akr/Sar/VIII/2017 untuk Prodi Kedokteran dan No.0480/LAM-PTKes/Akr/Pro/VIII/2017 untuk Prodi Profesi Dokter FK Unpatti dan terus berproses dengan target peningkatan akreditasi menjadi A di tahun 2021.
Program Studi Kedokteran Universitas Pattimura bertujuan mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa,berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab. Prodi Pendidikan Dokter Unpatti sebagai lembaga pendidikan tinggi, berperan mengembangkan sumberdaya manusia dan meningkatkan harkat dan martabat manusia umtul mewujudkan bangsa yang maju, mandiri dan sejahtera.
Hal ini juga ditunjang oleh Pola Ilmiah Pokok Universitas Pattimura yaitu ”Bina Mulia Ke-Lautan”. Sebagai bagian dari Universitas Pattimura, Fokus pengembangan Fakultas Kedokteran sebagaimana UNPATTI, menjadi lembaga yang berorientasi dan mengutamakan laut pulau sebagai melalui kegiatan- kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang produktif dan terpakai dalam menunjang pembangunan regional maupun nasional.