Peraturan Rektor 03 Tahun 2011 pasal 1 menjelaskan jenis-jenis oraganisasi dalam lingkup Fakultas adalah sebagai berikut:
- Butir (17) : Dewan Perwakilan Mahasiswa Fakultas (DPMF) sebagai badan legislative adalah organisasi kemahasiswaan tertinggi pada tingkat Fakultas, yang merupakan badan perwakilan yang menyalurkan aspirasi mahasiswa serta merumuskan kebijakan-kebijakan melalui penetapanGaris-garis Besar Program Kerja (GBPK) yang dilaksanakan oleh Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Fakultas.
- Butir (18) : Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas (BEM-F) adalah lembaga perwakilan mahasiswa pada tingkat Fakultas untuk menjabarkan dan melaksanakan GBPK dalam bentuk program kerja yang telah dietapkan DPMF.
- Butir (19) : Unit Kegiatan Mahasiswa Fakultas (UKM-F) adalah organisasi mahasiswa yang merupakan unit untuk menampung mahasiswa dalam melaksanakan kegiatan sesuai dengan minat masing-masing di tingkat Fakultas.
Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) Fakultas Kedokteran Universitas Pattimura periode tahun 2021-2022
- DPMF
Merupakan badan legislative yang adalah organisasi kemahasiswaan tertinggi pada tingkat Fakultas, dan merupakan badan perwakilan yang menyalurkan aspirasi mahasiswa serta merumuskan kebijakan-kebijakan melalui penetapan Garis-garis Besar Program Kerja (GBPK).
Ketua : Yeheskiel Bunga
Pembina : dr. Ony Wibriyono Angkejaya, Sp.An., M.Kes
- BEM-FK
Merupakan unit kegiatan mahasiswa yang bertugas menjalankan proker sesuai dengan GBPK yang berlaku contohnya dalam minat bakat, kerohanian serta kastrat.
Ketua : Agung Jaya Pratama
Pembina : dr. Ony Wibriyono Angkejaya, Sp.An., M.Kes
- PMK-FK
Merupakan Unit Kegiatan Mahasiswa yang bergerak dalam bidang kerohanian. Salah satu proker yang sering dilakukan seperti ibadah Bersama tutup usbu yang dilakukan setiap akhir pekan.
Ketua : Dicky Julistyo Payung
Pembina : dr. Farah Ch. Noya, M.HPEd, Yuniasih M. J. Taihuttu, S.Si, M.Sc
- FSMM
Sama halnya dengan PMK-FK, FSMM-FK juga merupakan Unit Kegiatan Mahasiswa yang bergerak dalam bidang kerohanian. Yang bertujuan untuk memperkuat iman seta membangun silaturahmi sesama umat muslim.
Ketua : Raihan Alfisahrin Sarfan
Pembina : dr. Vina Z. Latuconsina, dr. Fitri K. Bandjar, M.Kes, dr. Ninik M. Sallatalohy
- TBM
Unit Kegiatan Mahasiswa ini bergerak khusus pada bidang medis yang bersifat kagawat darurat maupun tidak. Unit Kegiatan Mahasiswa ini dibuat untuk membantu sesame dalam keadaan genting. Salah satu aksi nyata yang dibuat adalah membantu korban-korban gempa, banjir bandang dan lain sebagainya.
Ketua : Alri Simanungkalit
Pembina : dr. Samuel Maruanaya, Sp.OT, dr. Ony Wibriyono Angkejaya, Sp.An., M.Kes, dr. Is Ikhsan Hataul, Sp.B
- AMSA
Unit Kegiatan Mahasiswa ini lebih bergerak dalam bidang promkes yaitu mensosialisasikan tentang kehidupan sehat dan Kesehatan masyarakat. Berbeda dengan TBM yang lebih dominan dalam melakukan aksi nyata.
Ketua : Nataniel Armando Pelmelay
Pembina : dr. Annastasia E. Ohoiulun
- Euthanator
Unit kegiatan mahasiswa ini bergerak dalam bidang olahraga khususnya futsal. Salah satu pencapaian yang dicapai yaitu juara 1 Unissula Medical Cup tahun 2016 dan 2018, juara 1 solo medical cup tahun 2018-2019, dan juara 1 usakti medical cup tahun 2017. UKM ini juga turut bertanding dalam permainan sepak bola dan menjuarai Liga Medica UI pada posisi juara 3 dan juara 1 menpora seri Provinsi Maluku 2019.
Ketua : Christo Imanuel Siahaya
Pembina : dr. Karl Leiwakabessy